راه اندازی پکیج تصفیه فاضلاب از اهمیت و پیچیدگی بالایی برخوردار است. پکیج‌های تصفیه فاضلاب در کارخانه تولید می‌شوند و سپس به محل پروژه منتقل شده و در همان جا نصب و راه اندازی می‌شوند. اگر تمامی مراحل ساخت پکیج تصفیه فاضلاب درست انجام شده باشد اما در نصب و راه اندازی آن اشتباهی رخ دهد، پکیج تصفیه فاضلاب عملکرد مطلوبی نخواهد داشت و به درستی کار نمی‌کند.